军机处是清朝独有的皇帝直辖的集权机构，在清朝加强皇权独裁统治中扮演着十分神秘而又举足轻重的角色军机处。
明太祖朱元璋之前，皇帝掌权的帮手是一人之下，万人之上的丞相军机处。为了加强集权独裁，朱元璋废除了丞相，自己既当皇帝又当丞相，一个人包办多年。然而他的后代们，虽然也想彻底掌握权力，但却没有能太祖那样精力旺盛，夙夜为公，于是再挑选饱学之士组成了内阁，皇帝的圣旨先发给内阁，再由内阁下发到朝廷各部或地方，地方和各部的事情也先汇总到内阁，由内阁进行处理并请示皇上。这样一来，皇上如果懒政，权力又集中到了内阁大臣手中。
大清靠八旗打天下，朝廷虽然沿袭了内阁制度，但一开始的权力中枢并不在内阁，而是由各旗的王爷贵族组成的“议政王大臣会议”。到康熙时，他用“南书房”这个机构把议政王大臣会议的权力削弱了，变成了“议政大臣会议”。南书房，就是康熙在自己的南书房里召集几个心腹商定核心大事，相当于大清创立的“新内阁”。南书房虽然架空了八旗王爷，但根据明朝的教训，时间一久，“新内阁”专权的现象又会出现。继任的雍正自不甘心，他趁着朝廷当时在西北用兵，每天需要处理很多“军机”，便绕开以南书房军机处、内阁为汇总的正常行政系统，成立了军机处。
军机处成立时是朝廷的临时机构，“没有编制”，自雍正起，这种现象保持了100多年，朝廷也一直没有专门的“军机大臣”，所有的军机大臣一直都是皇帝从大臣中挑选的临时兼职人员。比如皇上可以把吏部尚书调入军机处，成为“吏部尚书兼军机大臣”。要提防他分权了，皇上就又会把他调出军机处，回任吏部尚书，军机处只干的是“临时工”。
而清朝历任皇帝自然也不会满足于只处理“军机”，而是以“军机”为名的全国所有事情，所以议政大臣会议和南书房就又成空架子了，最终被废除。内阁因沿袭前朝，虽被保留，也成了空架子，内阁大学士成为荣誉称号。万岁爷要发谕旨，就有了两种途径：一是按照原来的程序通过内阁，公开下发，谕旨内容除了接旨人员，其他官员也知道，称为明发上谕；而另外一种途径就是由军机处直接密封发走，谕旨只有接旨人员知道，对别人是保密的，称为廷寄。由于它是打着“军机”的名义，必须由兵部派专人限时送达，从400里加急到800里加急不等。接到廷寄的官员将来还要把落实情况奏禀皇上，一般都是采用“密折专奏”的形式，在通过军机处中转之后，与皇帝一对一秘密往来。如此一来，官员们成了皇上廷寄的执行人和反馈人，还要秘密工作，跟黑社会老大指挥马仔似的。
这就是军机处，它并非一个“处”，而是一套系统，一套高高在上的进行神秘政治的系统，一套让皇帝的集权独裁达到顶峰的系统。明代的内阁是国家军政大权的汇总之地，而清代的军机处除了掌控军政大权外，还是皇帝的羽翼和附庸，实际上就是皇帝的“专职秘书处”或者“专用办公室”，成为皇权落地的最直接途径。
宋代的枢密院和清代的军机处虽然同为中央顶级权力机构、但是在权力分配以及任职官员属性等等方面还是有着截然不同的地方。
首先宋朝枢密院最主要的任务就是贯彻宋朝“文人治国”的方针，它和中书门下为宋朝最高的权力机构，分别掌管军令和政令，也就是说枢密院只有军令。而清朝的军机处却是总揽军、政大权，虽然是个权力机构却是被皇帝直接掌管的，更类似于皇帝的私人秘书处。
既然两者最终的服务目标和职能不一样，那么主事的官职也天差地别。枢密院的长官叫做枢密使，地位略低于宰相，主管兵事。到了南宋之后，枢密使基本就由宰相同时兼任了，这是有实权的。
但是众所周知，自明朝废除丞相制度，清朝也不复存在。所以清朝的军机处多由亲王、大学士、六部大臣等兼任，称之军机大臣。军机大臣无官职、无俸禄，但地位其实已经相当于封爵拜相，只是无实权。是的，军机大臣更类似与明朝的内阁大臣。
这就是枢密院和军机处的区别。当然了，军机处由于是为皇上服务，所以没有下设机构。而枢密院下属机构就很多了，这里且不累述。
