自北元灭亡后，漠北蒙古势力分裂成鞑靼脱脱不花、瓦剌、兀良哈三部。
瓦剌也称卫拉特。位于鞑靼以西，亦力把里（今新疆中亚一带）以北脱脱不花；主要活动在科多河、额尔齐斯河、准噶尔盆地远及中亚附近。与鞑靼不同，瓦剌并非黄金家族后裔，瓦剌杂糅了大量中亚草原民族血统，由于与成吉思汗世代联姻，才并入蒙古大家庭，所以鞑靼一向将瓦剌视作蒙古别部，甚至不把他们蒙古人看待。
明朝初年脱脱不花，当时瓦剌部不服鞑靼部，双方相互征伐。永和九年秋，鞑靼杀死明朝使臣郭骥，导致翌年明成祖亲率大军深入蒙古地区征伐鞑靼部，于斡难河畔（今鄂嫩河）大败本雅失里，旋即又东向击败阿鲁台于兴安岭。本雅失里奔和林，但是当时和林一带已为瓦剌所有，结果马哈木杀本雅失里，并向明朝献出故元传国玺，此时的瓦剌已经展现出了一些野心，而且当时朱棣便已预感到瓦剌的骄横，但是依然厚赐了瓦剌使臣。
势力范围渐向东移，瓦剌对明朝的态度也渐渐由恭顺变为“表词悖慢”，明国此时也认为“瓦剌骄矣”。于是明朝转而支持鞑靼部阿鲁台，封其为和宁王。永乐十一年，马哈木拥兵三万东渡饮马河。翌年，瓦剌游骑甚至到达明国边境兴和侦探明国动静，这是一个非常危险的讯号，为了保持蒙古诸部的分裂现状，以让一家独大，同年三月，明成祖再次亲征，深入漠北远征瓦剌，瓦剌大败，被明军斩首数千级，十多个王子被杀。瓦剌残余部众败走，明军乘胜追击，此后瓦剌率军又战，明军再次大败瓦剌，然后一直追击瓦剌残部直到土剌河，生擒数十人。仅有马哈木太平等脱身远遁，此战之后，瓦剌自知无力抵抗明朝大军，于是在永乐十三年，马哈木等向明朝贡马谢罪。
明朝撤军以后，瓦剌内部发生内讧，答里巴、马哈木、乌格齐哈什哈相继死去，额色库继承汗位。鞑靼趁着瓦剌新败，结合兀良哈部攻破瓦剌，瓦剌无法抵挡鞑靼和兀良哈的攻击，再次求助于明朝。明成祖为了牵制鞑靼，于永乐十六年四月册封马哈木之子脱欢袭父爵为顺宁王。
之后由于鞑靼和明朝的关系再次破裂，明成祖分别于永乐二十年、二十一年、二十二年连续三次亲征鞑靼。鞑靼部损失巨大，脱欢自然不会放弃这个绝佳的机会。永乐二十一年夏，野心勃勃的脱欢在饮马河（今克鲁伦河）大败阿鲁台，掠其人口马驼牛羊殆尽，将鞑靼部打的溃散无所。在消灭了东蒙古势力之后，此时的脱欢越发不甘心屈居人下，他开始腾出手来解决瓦剌内部的权利分配问题。永乐二十二年十月，脱欢起兵征伐土尔扈特部贤义王太平，致使贤义王人马溃散，甚至有残部逃到了明朝的甘肃边境潜住。慢慢的，在宣德年间，脱欢逐渐合并太平、把秃孛罗部众，吸收和硕特等加入联盟，自此土尔扈特部再也无力对抗脱欢，脱欢终于掌握了瓦剌的实权。
宣德六年春，脱欢率兵再次大败鞑靼首领阿岱汗和阿鲁台，穷困潦倒的鞑靼部甚至迁徙到辽东地区，以避锋芒。宣德九年（公元1434年）七月，瓦剌杀阿鲁台，鞑靼部众溃散，阿岱汗逃至陕西、甘肃一带。由此瓦剌暗地联络兀良哈和女真各部，袭扰明国边境。根据《明实录》记载，当时明国边境环境急转直下，领地在辽东、居庸关一代的兀良哈部居然率兵袭扰明朝边境直至山西、陕西地区，此时正好与瓦剌袭杀阿鲁台部的时间相吻合，史载“朵颜……竟与虏合，我是以有土木之变”。正如《蒙古黄金史纲》的说法，“所谓卫喇特篡夺蒙古一国之政”，瓦剌势力终于占据漠北东部，统一了漠北。
脱欢的儿子也先比其父走的还要远，他把瓦剌的势力延伸到东起女真、西至哈密、北达贝加尔湖、南临长城的广袤地域。又趁明朝内部出问题的功夫，发起攻势，在土木堡之变中大败明军，俘虏了御驾亲征的明英宗朱祁镇。
不过，也先在建立了他的父祖也不能企及的功勋后，就走了一步昏招。他打破“唯有黄金家族嫡系才能做全蒙古大汗”的规矩，于1453年夏自立为天圣可汗。然而也先这个天圣可汗做了不过一年，其本人就在1454年下半年被反叛者所杀。他死后，绰罗斯家族被他的两个儿子所瓜分，长子博罗纳哈勒的部众成为杜尔伯特部，次子额斯墨特达尔罕的部众，发展成了后来的准噶尔部。
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